В настоящее время ГУПЭ МВД РФ — мощная многофункциональная система.
15 ноября 1988 года приказом МВД Советского Союза № 0014 «О создании управления по борьбе с организованной преступностью» было организовано 6-е управление МВД СССР. Сегодня эта дата считается Днем создания подразделений по борьбе с организованной преступностью в России.
В феврале 1991 года 6-е управление было преобразовано в Главное управление по борьбе с наиболее опасными преступлениями, организованной преступностью, коррупцией и наркобизнесом. Еще через год было создано Главное управление по организованной преступности (ГУОП) МВД России. В 1999-2004 годах — Главное управление по борьбе с организованной преступностью, с 2004 года — это Департамент по борьбе с организованной преступностью и терроризмом МВД России, который в 2008 году в результате реформирования в системе МВД был преобразован в Главное управление по противодействию экстремизму Министерства внутренних дел Российской Федерации (ГУПЭ МВД России).
В настоящее время ГУПЭ МВД РФ — самостоятельное структурное подразделение полиции, оно входит в центральный аппарат МВД России, являясь головным оперативным подразделением Министерства в сфере противодействия экстремистской деятельности и терроризму. В пределах своей компетенции данное Управление осуществляет функции по выработке и реализации государственной политики и нормативному правовому регулированию, а также правоприменительные полномочия в области противодействия экстремистской деятельности и терроризму.
Основные направления деятельности подразделений по борьбе с организованной преступностью определены директивой МВД России. Это, прежде всего, борьба с терроризмом, незаконным оборотом оружия и наркотиков, организованной преступностью и коррупцией; раскрытие и расследование тяжких и особо тяжких преступлений; совершенствование профилактической деятельности, разработка и принятие в пределах своей компетенции мер по противодействию организованной преступности и коррупции. Также — организация и непосредственное осуществление предупреждения, пресечения и раскрытия преступлений, совершенных организованными группами, имеющими международный и межрегиональный характер, установление лиц, подготавливающих, совершающих или совершивших преступления; организационно-методическое обеспечение и оказание практической помощи территориальным органам МВД России и их структурным подразделениям по вопросам своей деятельности.
Для борьбы с вооруженной преступностью, поддержки оперативных и следственных действий в составе этих подразделений созданы отряды быстрого реагирования (известные как СОБРы).
Сегодня ГУПЭ МВД России — мощная многофункциональная система, которая за время своего существования накопила огромный опыт оперативной работы, а ее высококвалифицированные сотрудники готовы к выполнению своих сложных задач по противодействию организованной преступности и коррупции, терроризму и экстремизму, незаконному обороту наркотиков.